Aplicación correcta del IVA en importaciones, exportaciones y zonas francas



María Fernanda, gerente de una pyme en Medellín que importa insumos y luego vende productos en una zona franca, siente que cada factura, cada despacho y cada contrato le generan un nudo en el estómago. ¿Estoy aplicando bien el IVA? ¿Me devolverán lo que corresponde? ¿O terminaré con una sanción de la Dirección de Impuestos y Aduanas Nacionales (DIAN) que comprometa mis utilidades o liquidez? En un contexto donde “la contabilidad no es solo números, es la base para decisiones sólidas y sostenibles”, mi misión es guiarla, mostrarle cómo aplicar correctamente el IVA en importaciones, exportaciones y zonas francas, y dotarla de claridad, ejemplo y tranquilidad. En este artículo encontrará lo que necesita para avanzar con seguridad, eficiencia y estrategia. 

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Durante mis más de treinta años acompañando empresas, independientes y pymes en Colombia, he observado que muchas de ellas cometen errores recurrentes al gestionar operaciones de importación, exportación o vinculadas a zonas francas. Y esos errores no solo implican pagos adicionales, sino riesgos de sanciones, evasión involuntaria, pérdidas en devoluciones y afectación de la reputación. “Construyendo un mundo nuevo; trabajando inteligente para el ingreso de nuestros clientes a la nueva era contable y tributaria” es el enfoque que adoptamos en Mi Contabilidad, porque la contabilidad debe ir más allá del registro: debe integrarse con visión estratégica, tecnología y cumplimiento.

Imagine que usted es Sandra, freelance que colabora con una empresa que opera desde una zona franca y le pagan por ensamblar componentes importados. O que es Pedro, gerente de “Textiles Global SAS”, que importa insumos, produce localmente y luego vende a un usuario industrial en zona franca creyendo que todo está exento de IVA sin verificar la documentación. El dolor común: falta de claridad normativa, cálculos equivocados en la base gravable, causación errónea del IVA, o simplemente asumir que la exención opera sin cumplir requisitos específicos. Los efectos son reales: la DIAN exige pagos adicionales, se pierde derecho a devolución, y la empresa queda vulnerable ante una auditoría de la Unidad de Gestión Pensional y Parafiscales (UGPP) o incluso de la zona franca.

Diagnóstico del problema

Para empresas e independientes que realizan operaciones que cruzan fronteras o involucran zonas francas, los errores se concentran en tres frentes: 1) La determinación de la base gravable del IVA en importaciones; 2) La calificación de la operación de zona franca como exportación o introducción al territorio aduanero; y 3) La prueba y documentación para exenciones o devoluciones de IVA. Por ejemplo, si usted importa bienes al territorio aduanero nacional (TAN) y no calcula bien el IVA sobre la base establecida en el artículo 459 del Estatuto Tributario (E.T.), puede estar subvalorando la obligación. O si vende a un usuario industrial en zona franca pensando que la operación es automáticamente exenta, pero no tiene el certificado de integración o no califica el literal correspondiente del artículo 481 E.T., la DIAN puede desconocer la exención. Y cuando se gestiona desde una zona franca al resto del mundo, la interpretación aduanera-tributaria juega un papel clave.

Las causas suelen provenir del desconocimiento de la normativa vigente, falta de coordinación entre áreas (logística, aduanas, contabilidad), sistemas contables que no están integrados con procesos aduaneros y digitales, y una visión de corto plazo que ignora que “la contabilidad no es solo números, es la base para decisiones sólidas y sostenibles.” Las consecuencias: obligaciones crecientes, retrasos en devoluciones de IVA, sanciones por omisión o error, riesgo reputacional, y pérdida de competitividad. En un mundo globalizado, donde nuestros competidores también evolucionan tecnológicamente, quedarse rezagado en la gestión del IVA de comercio exterior es entregar ventaja.

Contexto normativo en Colombia

Para manejar correctamente el IVA en importaciones, exportaciones y zonas francas, revisemos la normativa más relevante y actualizada:

En operaciones de importación al territorio aduanero nacional, el artículo 459 del E.T. establece que la base gravable para la liquidación del IVA será la misma que se utiliza para los derechos de aduana, adicionados con el valor de este gravamen.  Esto significa que al valor en aduanas de la mercancía (valor de transacción u otra modalidad según lo previsto en el decreto aduanero), se le suman los aranceles y luego se aplica la tarifa de IVA correspondiente, que comúnmente es del 19 % en Colombia. La causación del IVA sucede en el momento de la nacionalización (artículo 429 E.T.), es decir cuando los bienes ingresan al TAN.  Además, la DIAN reiteró en 2025 que los importadores de combustibles deben declarar y pagar IVA al momento de la importación, confirmando su estricta vigilancia sobre este tipo de bienes. 

En cuanto a operaciones con zonas francas, es clave entender que la introducción de mercancías al régimen de zona franca desde el TAN se considera exportación definitiva para efectos aduaneros (por ejemplo, artículo 479 del Decreto 1165 de 2019) y la salida de bienes desde zona franca al TAN se considera importación. Para efectos tributarios de IVA, la norma puede reconocer la exención para ventas de bienes nacionales a usuarios industriales de zonas francas (literal e) del artículo 481 E.T.) cuando se cumplen los requisitos de exportación definitiva o introducción definitiva. Asimismo, la DIAN en su Concepto 1429 de 2025 aclaró que la Declaración Especial de Importación (DEI) que ampara importaciones desde zonas francas al TAN debe incluir la liquidación del IVA.  Asimismo, la resolución o proyecto de resolución de 19 marzo 2025 de la DIAN impone especificaciones técnicas para la entrega de la información de la declaración de importación en línea con el Decreto 659 de 2024, lo que exige actualización tecnológica. Para exportaciones de servicios a no residentes, deben cumplirse los requisitos del literal c) del artículo 481 E.T. para poder acogerse a exención del IVA, lo que implica verificar que el servicio sea prestado efectivamente al exterior, sin que el servicio se preste desde Colombia al residente local.

Comparativo internacional revela que países como México, Singapur y miembros de la Unión Europea aplican esquemas similares de tratamiento del IVA o GST a través de zonas francas y depósitos francos, pero con sus propias variaciones: tipos reducidos de tarifa, diferimiento del tributo, requisitos de operador autorizado. Esto evidencia que, aunque la lógica general es global —facilitar comercio exterior, reconocer exenciones cuando el bien o servicio se destina fuera del país o entra por régimen especial— los detalles y requisitos pueden variar significativamente. Así, para Colombia, operar sin soporte documental, sin integración tecnológica y sin planeación estratégica equivale a quedarse atrás frente a esos mercados globales.

Aplicación práctica con casos reales

Le cuento tres relatos reales adaptados a diferentes perfiles empresariales para que vea cómo se vive este tema en la práctica.

Caso 1 – Pyme “AgroVerde S.A.”
AgroVerde importa fertilizantes desde Europa, los mezcla en Colombia y vende el producto final a un usuario industrial ubicado en una zona franca. La empresa asumía que bastaba con importar y enviar la mercancía a zona franca para quedar exenta de IVA. Sin embargo, al revisar la documentación la DIAN hizo observaciones porque la base gravable de la importación no consideró todos los costos exigidos en el artículo 459 E.T. y no existía un contrato claro con el usuario industrial ni pruebas de exportación. Con nuestra intervención en Mi Contabilidad, analizamos la cadena de valor, identificamos los componentes sujetos a IVA, ajustamos la base gravable de la importación, documentamos la salida a la zona franca mediante formulario 500 e integración digital, y así la empresa evitó una sanción que se estimaba en más de COP 65 millones. Los resultados: liquidez restaurada, devolución de IVA habilitada y tranquilidad para la auditoría de revisoría fiscal.

📅 Agenda: https://outlook.office.com/book/MiContabilidadCom@todoenuno.net.co/

Caso 2 – Freelance “Carlos González”
Carlos presta servicios de ensamble para una empresa cuyos bienes importados se ensamblan en su taller en zona franca y se exportan al exterior. Él creía que estaba operando en exención del IVA automáticamente. Revisamos la norma del literal c) del artículo 481 E.T. y confirmamos que su servicio calificaba como exportación de servicios, siempre que se prestara a no residentes y se documentara correctamente. Implementamos automatización con Julio César Moreno Duque para registro digital de contratos, facturación electrónica y seguimiento en tiempo real. Resultado: Carlos pudo reclamar devolución bimestral de IVA de los bienes nacionales que vendió al usuario de la zona franca y fortaleció su posición ante eventuales requerimientos de la DIAN.

Caso 3 – Empresa “Textilurgia SAS”
Textilurgia tenía un contrato con un usuario comercial en zona franca y asumía que la venta era exenta de IVA por el literal e) del artículo 481 E.T. Sin embargo, la DIAN aclaró en el Oficio 906778 de 2022 que la exención solo aplica si se cumple que el usuario de la zona franca es industrial y se exporta el bien final o se introduce de manera definitiva. Con nosotros analizamos el contrato, verificamos el perfil del usuario de zona franca, revisamos la trazabilidad de los bienes, actualizamos el sistema contable y ERP, y documentamos la exportación con certificados de integración adecuados. Este enfoque permitió que Textilurgia legítimara la exención, recuperara devoluciones de IVA y evitara contingencias de auditoría.

Cómo resolverlo con Mi Contabilidad

En nuestra firma, adoptamos un acompañamiento integral que cubre tres fases:

Análisis inicial: detección de brechas y riesgos
Con mi experiencia de más de 30 años en contabilidad general, tributaria, laboral y financiera, y actualizada diariamente en normatividad de la DIAN, UGPP, CTCP, Supersociedades, MinTrabajo y SIC, diagnostico su operación completa: importaciones, exportaciones, zonas francas, facturación y contabilidad. Junto a Julio César Moreno Duque, experto en tecnología, automatización y transformación digital, evaluamos sus procesos desde el punto de vista contable, aduanero y digital para detectar errores en la base gravable, incumplimiento documental, procedimientos obsoletos o falta de integración.

Definición estratégica: planificación de acciones con normativa vigente
Diseñamos un plan personalizado para su empresa o independiente: importaciones → calcular base gravable del IVA conforme articulo 459 E.T.; exportaciones → verificar requisitos del literal c) artículo 481 E.T.; zona franca → documentar correctamente introducción, exportación o importación vía zona franca conforme normativa aduanera y tributaria. En esta fase le explicamos que “la contabilidad no es solo números, es la base para decisiones sólidas y sostenibles.” y le brindamos visión de largo plazo.

Implementación y acompañamiento: ejecución práctica con asesoría continua
Automatizamos la captura de datos (importaciones, exportaciones, zona franca) integrando con su ERP o contabilidad digital. Implementamos controles internos, revisiones periódicas, auditorías preventivas/revisoría fiscal, y acompañamos en la solicitud de devoluciones de IVA o justificación de exenciones. “Construyendo un mundo nuevo; trabajando inteligente para el ingreso de nuestros clientes a la nueva era contable y tributaria” es nuestro sello. Así, su empresa o actividad independiente no solo se pone al día, sino que genera ventajas competitivas mediante cumplimiento eficiente y seguro.

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Si usted es empresario, gerente multitarea, contador que acompaña pymes o profesional independiente, no espere a que la DIAN le envíe un requerimiento o la operación quede sin control. Con Mi Contabilidad le ofrecemos una primera consulta gratis para una revisión exprés de sus operaciones de importación, exportación y zona franca. También dispone de un diagnóstico preventivo sin compromiso: analizamos sus últimos doce meses, identificamos los riesgos ocultos y le entregamos una hoja de ruta personalizada de cumplimiento. Si hoy solucionas este problema con nosotros, seguiremos acompañándote para que no vuelva a ocurrir.

El tratamiento del IVA en importaciones, exportaciones y operaciones con zonas francas en Colombia no es un trámite rutinario: es una decisión estratégica. Aplicarlo incorrectamente puede comprometer su liquidez, competitividad y tranquilidad de futuro. Como contadora pública con más de 30 años de experiencia y constantemente actualizada en normatividad, le transmito la seguridad de que con asesoría experta podrá convertir este reto en una ventaja. Ahora es su momento de actuar con visión digital, cumplimiento y tranquilidad.

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Artículo elaborado por Diana Cristina Cardona Cardona, Contadora Pública con más de 30 años de experiencia en normatividad contable y tributaria en Colombia, con el apoyo estratégico de Julio César Moreno Duque en tecnología y transformación digital.
Este artículo hace parte del compromiso de Mi Contabilidad de acompañar a empresarios, contadores e independientes en la nueva era contable y tributaria, garantizando confianza, claridad y cumplimiento normativo.
Blog oficial de Mi Contabilidad:

Mi Contabilidadcom

Somos una firma colombiana con domicilio principal en Manizales, contamos con más de 15 años de experiencia profesional en el campo de la auditoria financiera, de gestión, y de sistemas, así como en el campo de revisoria fiscal. Contamos con un grupo de profesionales especializado en temas tributarios y de NIIF, temas que en la actualidad son imprescindibles en cualquier organización.

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