La Resolución 001843 de 2025 del Ministerio del Trabajo introduce ajustes clave en el manejo de incapacidades laborales en Colombia. Cambian procedimientos, responsabilidades del empleador, validaciones médicas y controles frente a abusos o inconsistencias. Para empresarios y trabajadores independientes, entender estas modificaciones es urgente: un error en la liquidación o en el reporte puede generar sanciones, recobros improcedentes o glosas de la UGPP. En este artículo analizamos qué cambia realmente, cómo impacta la nómina, qué riesgos existen y cómo prepararse desde la contabilidad, el control interno y la transformación digital. Explicamos casos prácticos y recomendaciones aplicables para pymes, gerentes y áreas de talento humano. La prevención hoy evita costos mañana.
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En los últimos años, las incapacidades laborales se han convertido en uno de los puntos más sensibles en la gestión empresarial. No solo por el impacto humano que implica la salud del trabajador, sino por las consecuencias financieras y jurídicas que pueden derivarse de una mala gestión. La nueva Resolución 001843 de 2025 del Ministerio del Trabajo llega en un momento en el que la fiscalización sobre aportes, reconocimientos y pagos es cada vez más rigurosa, especialmente por parte de la UGPP y otras entidades de control. Para muchas empresas, lo que parecía un trámite operativo hoy puede convertirse en un riesgo económico significativo si no se actualizan los procedimientos internos. La contabilidad no es solo números, es la base para decisiones sólidas y sostenibles.
Hablar de incapacidades laborales en Colombia implica comprender un entramado normativo donde intervienen el empleador, la EPS, la ARL, el fondo de pensiones y las entidades de fiscalización. Durante años, muchas organizaciones gestionaron este proceso de forma reactiva: reciben la incapacidad, la registran en nómina y esperan el recobro correspondiente. Sin embargo, la realidad actual exige algo más profundo: trazabilidad, verificación documental, control sobre los tiempos y coherencia entre lo reportado en nómina electrónica y lo declarado en la Planilla Integrada de Liquidación de Aportes.
La Resolución 001843 de 2025 del Ministerio del Trabajo introduce ajustes orientados a fortalecer la transparencia, la estandarización de la información y el control frente a incapacidades emitidas sin el debido soporte o con inconsistencias en su reconocimiento. En la práctica, esto significa que el empleador debe ser más diligente en la validación de la incapacidad desde el primer momento. No basta con recibir el documento; ahora resulta clave verificar que cumpla los requisitos formales exigidos por la normativa vigente y que esté debidamente registrada en los sistemas de la entidad de salud correspondiente.
Uno de los cambios más relevantes está relacionado con la trazabilidad digital de las incapacidades. El Ministerio del Trabajo busca que exista coherencia entre lo certificado por el profesional de la salud y lo que finalmente se liquida y reporta en nómina. Esto impacta directamente la nómina electrónica, que ya es obligatoria en Colombia, y que se cruza con la información que reciben la DIAN y otras entidades de control. Cuando existen diferencias entre los valores pagados por incapacidad y lo que corresponde según la norma, la empresa puede enfrentar requerimientos posteriores.
En Colombia, el reconocimiento económico de la incapacidad por enfermedad general tiene reglas específicas: los primeros días suelen estar a cargo del empleador y posteriormente la EPS asume el pago según los porcentajes establecidos. La resolución refuerza la necesidad de aplicar correctamente esos porcentajes y respetar los topes legales. Un error en la base salarial o en el número de días reconocidos puede generar recobros improcedentes o devoluciones exigidas por la EPS. Y cuando la UGPP detecta inconsistencias entre aportes y pagos, el escenario se vuelve más complejo, porque puede presumir inexactitud en la cotización.
Comparativamente, en varios países de América Latina se ha avanzado hacia sistemas totalmente digitalizados de incapacidades, donde el empleador accede directamente a una plataforma centralizada que valida la autenticidad del documento. Colombia avanza en esa dirección con este tipo de resoluciones. Mientras en algunos países europeos el control es automático y el empleador tiene menos margen de error porque el sistema liquida de forma centralizada, en nuestro contexto todavía recae en gran medida en el área contable y de talento humano la responsabilidad de verificar y aplicar correctamente la norma.
Aquí es donde muchas pymes presentan debilidades. No cuentan con manuales claros de procedimiento, no documentan las validaciones realizadas y, en ocasiones, delegan completamente la gestión en terceros sin supervisión interna. Cuando llega una fiscalización, la empresa no logra demostrar que actuó con diligencia. Recordemos que el principio de responsabilidad del empleador en Colombia es amplio: no basta con alegar desconocimiento.
Un caso frecuente que he visto en mi experiencia profesional es el de empresas que continúan pagando el 100 % del salario durante toda la incapacidad, aunque la norma establezca porcentajes menores. Aunque parece una decisión favorable al trabajador, puede generar inconsistencias frente a los aportes y frente a la base reportada en nómina electrónica. Posteriormente, cuando intentan realizar el recobro ante la EPS, esta objeta valores porque no coinciden con lo que la ley permite reconocer. El resultado es una pérdida económica para la empresa.
Otro escenario complejo ocurre cuando la incapacidad supera cierto número de días y se activa el proceso de calificación de pérdida de capacidad laboral. Si la empresa no realiza seguimiento oportuno, puede enfrentarse a contingencias mayores, incluyendo estabilidad laboral reforzada y eventuales procesos judiciales. La nueva resolución enfatiza la importancia de documentar cada etapa del proceso, desde la recepción de la incapacidad hasta la gestión ante la EPS o la ARL.
Desde el punto de vista contable, el registro adecuado de la incapacidad es esencial. No solo afecta el gasto laboral, sino también las provisiones y los pasivos relacionados con prestaciones sociales. Si la empresa no ajusta correctamente las bases, puede terminar pagando más cesantías, intereses o vacaciones de lo que corresponde. Aquí se evidencia que la gestión de incapacidades no es un simple trámite administrativo, sino un elemento que impacta directamente los estados financieros.
En Mi Contabilidad trabajamos este tema desde una perspectiva integral. No nos limitamos a liquidar la nómina; revisamos los procedimientos internos, verificamos la coherencia con la normativa vigente y establecemos controles cruzados con la Planilla Integrada de Liquidación de Aportes y la nómina electrónica. Además, con el apoyo estratégico de Julio César Moreno Duque, implementamos herramientas digitales que permiten automatizar alertas cuando una incapacidad supera determinados días o cuando existe una diferencia entre el valor pagado y el valor que debería reconocerse según la norma.
Construyendo un mundo nuevo; trabajando inteligente para el ingreso de nuestros clientes a la nueva era contable y tributaria. Esa transformación implica que la información fluya correctamente entre áreas y sistemas. Cuando la tecnología se integra con la contabilidad, el margen de error se reduce y la empresa gana tranquilidad.
La Resolución 001843 de 2025 también envía un mensaje claro frente al control de incapacidades fraudulentas o inconsistentes. El empleador tiene derecho a verificar la autenticidad del documento y a solicitar aclaraciones cuando existan dudas razonables. Sin embargo, este proceso debe hacerse con respeto a la dignidad del trabajador y dentro del marco legal. Un manejo inadecuado puede derivar en conflictos laborales. Por eso es fundamental que exista un protocolo claro y previamente definido.
En términos financieros, cada día de incapacidad mal gestionado puede representar costos ocultos: pagos indebidos, intereses por mora en aportes, sanciones por inexactitud y tiempo invertido en responder requerimientos. Cuando sumamos estos factores a lo largo del año, el impacto puede ser significativo, especialmente para pequeñas y medianas empresas.
Si hoy tienes incapacidades en curso y no estás seguro de que tu procedimiento esté alineado con la nueva resolución, este es el momento de revisarlo. Una auditoría preventiva puede evitar sanciones futuras. Esta es nuestra primera invitación concreta: revisa tus procesos antes de que lo haga la autoridad.
En Mi Contabilidad ofrecemos un diagnóstico inicial sin costo para evaluar el cumplimiento en la gestión de incapacidades y su impacto en nómina y aportes. No se trata solo de cumplir, sino de proteger la sostenibilidad financiera de tu empresa. Como segunda oferta sin riesgo, realizamos una revisión técnica de coherencia entre nómina electrónica y PILA para identificar posibles contingencias antes de una fiscalización.
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La gestión adecuada de incapacidades laborales es una muestra de madurez empresarial. Cuando la empresa comprende la norma, aplica controles internos y utiliza tecnología para respaldar sus procesos, reduce significativamente el riesgo de sanciones y mejora su reputación ante trabajadores y entidades de control.
Si hoy solucionas este problema con nosotros, seguiremos acompañándote para que no vuelva a ocurrir.
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